2015年6月1日至4日，美国质谱年会在圣路易斯市的会展中心举行。在该会议上，ABRF(The Association of Biomolecular Resource Facilities)报告了由其组织的蛋白质组学数据分析评测的最新结果。我所pFind团队提交的结果，在报告准确鉴定蛋白质数目（定性分析结果）、报告正确的含量显著差异蛋白质（定量分析结果）这两个关键指标上，表现出色（http://www.abrf.org/index.cfm/group.show/ProteomicsInformaticsResearchGr...）。
ABRF由800多位工作在生物技术资源与研究实验室的科学家组成，覆盖了140多个来自全球各政府、学术、研究、工业和商业届的国际核心实验室。最近几年内，每一年，该组织都组织系列评测任务，特别是蛋白质组信息学研究组iPRG(Proteome Informatics)负责有关蛋白质组质谱数据分析软件和算法的评测。
我所贺思敏研究员领导的pFind团队在2008年就开始参加该研究组的评测任务，当年pFind的鉴定性能在参与评测的领域专家里达到中等水平。接下来的几年间，pFind团队持续参加iPRG评测，pFind系列软件性能稳步提升。今年pFind团队也参加了该评测，主要工作由今年刚留所的刘超博士以及硕士二年级学生涂慧君完成，他们提交的2组结果综合性能领先。
今年的评测内容是使用基于生物质谱技术的蛋白质非标记定性、定量软件，确定两个生物样品间的含量显著差异的蛋白质。评测主办方制备了两份完全相同的酵母样品，即这两份样品中的蛋白质含量是一样的。这些蛋白质数目在4000到5000之间。另外，评测主办方以实验手段在样品中分别加入了6个含量显著差异蛋白质，做为正确答案。参评队伍要定性、定量分析数千个蛋白质，报告其中含量有显著差异的蛋白质。
今年的评测，吸引了来自世界各地共51支参评队伍，其中有10支队伍来自iPRG委员会委员领导的团队。大部分队伍提交了自己的详细信息，由此我们得知，这些队伍中，有10支来自中国，6支来自比利时，5支来自法国，5支来自中国香港，4支来自瑞典，4支来自美国，2支来自澳大利亚，2支来自意大利，其他各队分别来自加拿大、希腊、以色列、瑞士和德国。
刘超博士使用pFind团队全自主开发的蛋白质定性软件pFind和蛋白质定量软件pQuant分析了本次评测的数据，并提交了结果。刘超博士提交的结果，报告准确鉴定蛋白质数目为4284个。涂慧君提交的结果，报告准确鉴定蛋白质数目为3851个。其他队伍报告的准确鉴定蛋白质数目从3800左右向下到1500左右不等。
本次评测最核心的任务是报告样品间正确的含量显著差异蛋白质。刘超博士提交的结果，精确报告了6个正确蛋白质，没有多报告一个假阳蛋白质，也没有遗漏一个真阳蛋白质。涂慧君提交的结果，报告了7个蛋白质，其中包含了6个正确答案，多报告了1个假阳。在报告人工加入的差异表达蛋白质上，只有两支队伍完全准确地报告了这6个蛋白质，其中就包括用pQuant分析提交的一组结果。
在上述两个关键指标上，pFind团队的两组分析结果均表现出色。这极大地鼓舞了pFind团队全体人员的研发信心，为更好的开发pFind，服务于蛋白质组学领域而不懈努力。
附件：