2014年11月12日至13日，第三届中国计算蛋白质组学研讨会（CNCP 2014 China Workshop on Computational Proteomics）在计算所盛大召开，160多位代表参加了本届会议。
CNCP会议的主题是“计算蛋白质组学”。最近十年，随着蛋白质组研究的兴起，特别是用于蛋白质鉴定的质谱技术的快速发展，蛋白质组研究中产生的质谱数据规模越来越大，成为大数据的一个重要应用舞台。通过研发先进的计算机算法与软件工具，以及结合强大的计算机硬件技术实现自动高效地处理蛋白质组大数据，已经成为蛋白质组学的一个重要分支，这就是"计算蛋白质组学"（Computational Proteomics），它作为生物信息学一个较新的研究方向，主要是针对蛋白质序列、结构和功能的规模化研究，一个简明的定义是“系统生物学的高通量分析”。
计算蛋白质组学研究的主要问题包括蛋白质鉴定、翻译后修饰、蛋白质定量、蛋白质相互作用、蛋白质定位、蛋白质结构或蛋白质动力学等。我国的计算蛋白质组学与国际基本处于同步的发展态势，特别是最近十年内在中国蛋白质组学项目的驱动下，计算蛋白质组学的研究发展迅速。
为了推动计算技术在中国的蛋白质组研究中发挥出更加切实的作用，更好地促进国内的学术交流，计算所前瞻研究中心生物信息学实验室pFind团队发起并分别于2010年11月和2012年11月在计算所成功举办了首届和第二届"中国计算蛋白质组学研讨会"（CNCP-2010和CNCP-2012，详细内容请参见网站http://cncp.ict.ac.cn/2010/和http://cncp.ict.ac.cn/2012/)。
CNCP会议的特色是办成"小人物"的学术盛会。所谓“小人物”是指会议邀请的报告人暂时还是一个年轻的"小人物", 比如一个刚毕业的博士、在站或刚出站的博士后、刚回国的年轻PI等等，但在较短的时间内已经取得了高水平的研究成果，比如发表了高水平的论文，未来的发展具有成为“大人物”的高潜力；另外，报告的内容主体上都是最近一到两年内由报告人亲自完成的工作，包括未发表的最新内容。CNCP的办会方针是“学术优先、其他从简”，办会方式是不征文、不收费，只设邀请报告、只设一个进程，学术平等、每个报告的总时间严格控制在30分钟内（25分钟报告+5分钟提问与讨论）。CNCP的报告人是由领域内的资深学者与往届的报告人共同推荐产生，新人优先。
与CNCP-2010和CNCP-2012不同，CNCP-2014的三点特色包括：
第一，尝试设置特别研究专题，以高密度报告促进交流。本届会议设立了糖蛋白质组学特别专题，邀请来自北京蛋白质组研究中心钱小红团队的应万涛博士、复旦大学杨芃原团队的刘铭琪博士、波士顿大学的林诚博士和印第安纳大学的汤海旭博士介绍最新进展，并特别邀请上海药物所的黄蔚博士介绍糖基化改造与控制的研究进展，在同一个专题内促进更深入的交叉科学研究。
第二，同一个研究专题从干湿两个方面组织报告。如邀请威斯康辛大学的葛英博士和印第安纳波利斯大学的刘晓文博士分别介绍Top-down技术在生化和信息学方面的最新进展。
第三，在关注各领域最新进展的同时适度回顾领域的总体进展。我们特别邀请协和医科大学高友鹤教授和复旦大学陆豪杰教授，分别就生物信息学中的生物/化学方法和定量蛋白质组学技术做回顾总结性报告。
另外，本届会议与之前两届不同的还有取消了现场注册。为了提高会议的组织效率，提前安排会场席位，会议要求在2014年10月15日之前完成网上注册手续，这样就可以有效地掌握会议的人数，避免现场临时注册的人员增多而带来的麻烦，结果表明行之有效，未来将会采用同样的方式组织CNCP会议。
CNCP-2014会议共邀请到26位报告人，其中包括来自美国的华人学者6位。这26位报告人中有18位是第一次在CNCP会议上作报告，另外的8人曾在前两届中作过报告。在11月11日会议还安排了一整天的会前技术培训，我们邀请到了来自美国波士顿大学的林诚博士和来自威斯康星大学的葛瑛博士、北京生命科学研究所的董梦秋博士，以及pFind团队的三位资深人员迟浩、刘超和樊盛博，给71位注册报名的学员带来了精彩而丰富的报告，在参加培训的现场，即使是下午午后的困顿时段也无人入眠，专心听讲。会议期间，来自同济大学的王春光研究员对参加培训后的感受，提到了三个字："很过瘾”，这三个字是对我们最大的肯定与鼓励。
根据研究内容分类，11月12日和13日两天安排了四组共26个报告，这四组分别为整体蛋白质的鉴定、蛋白质组学的应用、定量蛋白质组学和糖蛋白质组学。这26个报告中，有50%（13个报告）是最新的研究成果，还没有正式发表，应报告人的要求，他们的报告材料和视频暂不对外公开，其余13个报告则已经在网站上公开，使得入会人员可以下载学习报告的内容。与前两届会议相比，本次会议的报告内容更新颖，更前沿，包括本源质谱技术（Native mass spectrometry)、数据非依赖采集方法等等。
在11月12日的邀请专家接待晚宴上，会务组还组织了参加本届会议的所有CNCP报告人，以及部分特邀专家一起讨论了多个与科研相关的话题，如“如何评价一个新的生物信息学人员的贡献？”，“中国蛋白质组学未来如何发展？”等等，其中对于第一个问题，北京生命科学研究所的董梦秋研究员提到可以从三个方面评价：第一，是否解决了重要的问题；第二，对于同行领域是否有技术或方法上的贡献；第三，是否培养了优秀的人才。对于第二个问题，北京蛋白质组研究中心的钱小红研究员提到，没有生物信息学就没有蛋白质组学的发展，未来生物信息学在蛋白质组大数据解析方面将发挥更重要的作用。另外，来自美国威斯康星大学的李灵军教授给予中国的蛋白质组学研究非常积极的肯定，并寄希望未来更多的合作。
会议最后邀请中国人类蛋白质组组织主席、来自复旦大学的杨芃原教授作闭幕词，他首先感谢本届会务组-pFind团队所有人员的细心组织和周到服务，为中国从事蛋白质组研究的人员交流起到了极大的推动作用；同时他又介绍了计算蛋白质组学的未来前景，提出了国家在蛋白质组学研究上的重视，未来更多投入科研与产业化的计划，为参会人员注入了充满希望的强心剂，为CNCP-2014画上了一个圆满的句号。
CNCP-2014获得了ThermoScientific和Bruker两个公司的大力赞助，有效地解决了会议的组织和经费问题，使得可以实现免注册费，感谢他们的赞助。关于本次研讨会更详细的信息，可参考会议网站：http://cncp.ict.ac.cn/。
CNCP-2014展示了最新的中国计算蛋白质组学成果，也展现了pFind团队在该领域中的重要贡献，两年一次的“小人物”学术盛会，已经成为蛋白质组学“大数据”的应用舞台。上小下大谓之“尖”，祝愿今后pFind团队的研究成果屹立于计算蛋白质组学的尖端。
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